سامانه‌ی پرداخت خمس مرکز راهبری برهان در ارتباط با دفاتر مراجع معظم تقلید تلاش دارد تا فرایند پرداخت خمس توسط مؤمنین را به فرایندی شفاف، ساده و هدفمند تبدیل کند. در این سامانه تلاش شده تا با اجازه‌ی رسمی از دفاتر مراجع تقلید، افراد بتوانند قسمتی از خمس خود را با انتخاب خود در محل‌های مصرف جدیدی که به توسعه‌ی دین در عصر نوین کمک می‌کند هزینه کنند
